يتم تقديم علم الأحياء الدقيقة الزراعية كمجال بحث اصطناعي مسؤول عن نقل المعرفة من علم الأحياء الدقيقة العامة والبيئة الميكروبية إلى التقنيات الحيوية الزراعية. الهدف الرئيسي لعلم الأحياء الدقيقة الزراعية هو تحليل شامل للكائنات الحية الدقيقة التكافلية (البكتيريا والفطريات) التي تتفاعل مع النباتات والحيوانات المهمة زراعيًا: هنا ركزنا على النباتات. في النباتات ، تتنوع التفاعلات مع الكائنات الحية الدقيقة ، وتتراوح بين تكافؤات جزئية (مثل البقوليات - ريزوبيا N2 ‐ تثبيت التعاقدات العقيدية أو الفطر العضلي الشحمي) إلى مجتمعات إندوفيتيّة وشحمية متعدّدة الأطراف (مرتبطة بالجذر ، فيوسفوسفير). يوفر التعايش بين جزئين أوضح النماذج لمعالجة التعاون الجيني بين الشركاء ، مما يؤدي إلى تكوين أنظمة جينية للكائنات الفائقة ، تكون مسؤولة عن إنتاجية المضيف. وقد تم الآن توسيع نطاق تحليل هذه الأنظمة بشكل كبير باستخدام مناهج metagenomics ، التي تسمح بتشريح الهياكل التصنيفية / السكانية والوظائف الأيضية / البيئية للمجتمعات الميكروبية ، والتي نتجت عن تكييف الكائنات الحية الدقيقة في التربة في الحياة الحرة. منافذ باطنية داخلية. كل من الوظائف المفيدة (الغذائية ، الدفاعية ، التنظيمية) والعدائية (المكافحة الحيوية) التي تعبر عنها الميكروبات التكافلية تجاه مضيفيها هي الموضوعات المحتملة للاستخدام الزراعي الفعال. إن المعرفة الأساسية بالوراثة والبيولوجيا الجزيئية والإيكولوجيا وتطور التفاعلات التكافلية يمكن أن تمكن من تطوير الزراعة المستدامة القائمة على الميكروبات. ويمكن أن يحقق ذلك ما يلي: (أ) تحسين الوظائف التكيفية والإنتاجية الرئيسية في نباتات المحاصيل من خلال معالجة المتعايشين الميكروبيين ؛ (ب) الاستبدال الجزئي أو حتى الكامل للمواد الكيميائية الزراعية الخطرة إيكولوجياً (الأسمدة المعدنية والمبيدات) بالمستحضرات الميكروبية ؛ (ج) انخفاض التكلفة وتحسين جودة المنتجات الزراعية.